Nella sesta puntata di Squadra Antimafia 2, Ivan Di Meo (Claudio Gioè) è in carcere ma non se la passa molto bene, viene preso di mira dagli altri detenuti per aver tradito la famiglia Abate: Rosy (Giulia Michelini) viene mandata al sicuro in una masseria in campagna mentre l’avvocato Cifalà penserà al da farsi. Filippo De Silva ed il dottor Eugenio Greco tramano nell’ombra, devono essere certi che Ivan Di Meo non sia un pericolo e che l’unico documento che attesti che ha agito sotto copertura sia in loro possesso. Viene aperta anche un’inchiesta su Fiamma Rigosi (Alice Palazzi) per aver ucciso l’assassino di suo padre, Daniele Pinna: la ragazza viene sospesa dal servizio.
Il commissario Claudia Mares (Simona Cavallari) è preoccupata per Ivan, in carcere tentano di ucciderlo, ma purtroppo non si trovano documenti della sua missione né il computer di Gaetano Lipari, indispensabile per scoprire i rapporti con gli Abate: anche Rosy ha dei problemi, viene ricercata dalle altre famiglie alle quali sono saltati gli affari. Pietra (Giordano de Plano) e Luca Serino (Francesco Mandelli) recuperano la pistola di Pinna, l’aveva rubata un ragazzino che si trovava sulla nave, adesso Fiamma può essere reintegrata in servizio, si è trattato di legittima difesa. Il laboratorio analizza un frammento osseo della madre di Lipari e il DNA di Antonia Colonna ma i due non coincidono: l’uomo arrestato sulla nave non è Gaetano Lipari. Ma allora chi è Lipari, e dov’è finito?
Claudia ha un’intuizione, pensa che Lipari in realtà sia Montero, l’uomo che aveva sviato le indagini, Montero scappa dagli arresti domiciliari e sale a bordo di una macchina dirigendosi verso un aeroporto privato: viene inseguito da Pietra e Luca ma non riescono a raggiungerlo. Lipari è stato liberato da De Silva, che lo ospita in una villa sul mare: per metterlo al sicuro vuole 10milioni di euro. Ma Lipari senza il suo pc non può spostare denaro, gli serve assolutamente. Claudia e Pietra perquisiscono l’appartamento di De Silva e trovano il documento che scagiona Ivan Di Meo che finalmente viene scarcerato. Rosy intanto decide di partire, di tornare negli Stati Uniti per sfuggire alla vendetta delle famiglie.