Comincia a suon di colpi di scena la seconda stagione di Squadra Antimafia – Palermo Oggi. Infatti, durante uno scontro a fuoco, Carmine Abate (fratello di Rosy Abate) muore per mano della Polizia mentre il fratello Nardo fugge con un complice.
Un anno dopo la squadra capitanata dal Commissario Claudia Mares (Simona Cavallari) continua a seguire le sue tracce. Il destino sembra giocarle degli scherzi perché proprio durante un’operazione si ritrova faccia faccia con Ivan Di Meo (Claudio Gioè), l’uomo che l’ha tradita e che credeva morto, ora collabora con il clan Abate sotto il nome di Sbirro. Purtroppo non riesce a catturarlo. Si scopre così che Abate sta cercando di rubare il mercato della cocaina ai calabresi con l’ausilio dello Sbirro, notizia che fa andare su tutte le furie il Commisario.
Nel frattempo Rosy (Giulia Michelini) è vittima di un agguato dal quale esce fortunatamente illesa. I guai non arrivano mai da soli, infatti, proprio dopo questo episodio, entra in scena Filippo De Silva, agente dei servizi segreti dall’aria tutt’altro che amica, che cerca di convincere Mares a collaborare con lui e che metterà uno dei proprio uomini a guardia di Rosy, all’insaputa di Cifalà. De Silva ammette che sanno del ritorno di Di Meo.
Grazie all’abilità di Pietra (Giordano de Plano), Rigosi (Alice Palazzi) e Serino (Francesco Mandelli) viene riconosciuto uno degli attentatori di Rosy, si tratta di Calabrò. I tre poliziotti si recano in Calabria dove riescono ad arrestarlo. L’interrogatorio svela che ben presto ci potrebbe essere una faida tra Calabresi e Siciliani stia per esplodere. Interrogando Calabrò si scopre che dietro al traffico di droga di Abate si nasconde Gaetano Lipari, detto il Santo, un narcotrafficante colombiano.
Anche se con mille dubbi, Mares decide di collaborare con De Silva e fornisce alla guardia del corpo di Rosy, Consoli, una chiavetta con uno spyware da inserire nel pc di Cifalà in modo da riuscire a rintracciare Nardo con il quale l’avvocato comunica via internet. Peccato che i servizi segreti giochino sporco e mettano una spia in casa del Commisario.
Sembra che le cose volgano a favore della giustizia. Infatti, grazie alla spia nel pc di Cifalà, si scopre che un grosso carico di droga sta arrivando dall’Africa; il camionista che la trasporta viene rintracciato dalla squadra di Mares, ma De Silva arriva a casa sua prima di loro facendosi dire dove si nasconde Di Meo, con lui durante l’arrivo in Sicilia del carico.
Una corsa contro il tempo, de Silva e Mares giungono al porto, ma solo Claudia riesce ad inseguire Ivan e lo ferisce. Tra i due sembra essere giunto il momento del confronto, ma l’uomo ancora una volta la stupisce e le confessa di essere sotto copertura, di volere catturare Lipari sfruttando Nardo e di guardarsi bene da De Silva. Claudia è in dubbio se credere o meno all’uomo che un tempo amava, ma decide comunque di portarlo a casa sua dove cerca di curarlo; qui Ivan confessa alla donna una verità scottante: dietro al traffico di droga c’è anche Rosy della quale non si deve fidare. Cosa farà ora il Commisario? Crederà a Ivan?