Nella sesta ed ultima puntata della mini serie tv Intelligence, il Colonnello Carlo Fulgeri (Salvatore Lazzaro) viene destituito dalla sua carica a capo dell’Intelligence, ha perso troppi uomini e troppo tempo, il suo posto viene preso da una donna, Serrano, che si occuperà anche di Marco Tancredi (Raoul Bova) che nel frattempo è stato ritrovato e portato in Italia dalla Tunisia. Il nuovo colonnello vuole interrogare Marco, che viene sedato e legato: Massimo Carlisi (Dino Abbrescia) e Giada (Ana Caterina Morariu) sono ancora liberi, vogliono liberare Marco ma occorre un aiuto dall’interno, tutta l’Intelligence è piena di uomini armati.
Marco viene interrogato, rivela tutto ciò che sa dell’organizzazione contro la quale stava indagando sua moglie Lidia Valenti: ma il colonnello è convinto che Marco menta, vuole sapere per chi sta lavorando in realtà. Sergio incontra Massimo e Giada, racconta quello che sa di Marco, ma spiega che l’Intelligence è sotto inchiesta: gli viene chiesto, di scoprire i mandanti dell’omicidio di Michela (Daniela Virgilio) e di Filippo. Carlo, nonostante gli ordini della Serrano, va da Marco per parlargli, dice di volerlo aiutare ma all’improvviso arriva la Serrano che dichiara di trasferire Marco in una struttura di massima sicurezza.
Mentre viene trasportato scortato da due uomini, uno dei due uccide l’altro e Marco ne approfitta per liberarsi: eliminati i due uomini di guardia Tancredi riesce ad uscire dal camion ed a saltare sull’auto di Massimo e Giada. Sergio prima di essere sospeso riesce a mandare una foto a Marco, la foto del silos che gli aveva mostrato anche Weber prima di morire: il silos è prodotto dalla Silux, fabbrica di lavatrici industriali. Nel frattempo un uomo uscito dalla Silux offre una valigetta ad un ingegnere, Moreau, che ha il compito dietro pagamento di una grossa somma, di svolgere un incarico nello Yemen: ma di cosa si deve occupare?
Sono cilindri in acciaio di circa un metro e mezzo, con delle valvole: Sergio dice che si tratta di centrifughe ad alta velocità per impoverire l’uranio, quelli della Linux hanno in mano una bomba atomica. Marco riferisce quello che ha scoperto a Carlo, ma questo appena Tancredi se ne va, fa subito una chiamata con il cellulare: il giorno seguente Marco si rende conto di essere stato tradito da Carlo, si presenta al porto anche Antonio Mosca (Massimo Venturiello), con il quale nasce uno scontro a fuoco. Tancredi si viene a trovare sotto il tiro di Antonio ma quest’ultimo non spara e lo fa fuggire: l’attenzione di Massimo, Giada e Marco si concentra adesso su Mattia Moreau, l’ingegnere svizzero a capo della direzione lavori, viene avvicinato da Giada e caricato in macchina. Mentre Moreau viene portato via, Marco prende il suo posto.
L’ingegnere rivela che il mandante è un’impresa privata ma che lui non sa quasi nulla: Marco riceve una busta con un biglietto aereo, partenza immediata per Sana’s nel deserto dello Yemen. Qui c’è un gruppo di lavoro all’interno di un laboratorio, qui si raccoglie l’uranio, che verrà frullato nelle centrifughe: all’interno del gruppo di lavoro c’è una dottoressa assistente di Weber, che rivela a Marco di voler fuggire da quel posto, lei non sa cosa sta accadendo, sa solo di aver prodotto una discreta quantità di uranio ma i mandanti ne vogliono creare di più.
Massimo e Giada hanno perso le tracce di Marco, grazie all’aiuto di Sergio lo provano a rintracciare ma non è semplice nel deserto: Tancredi intanto in laboratorio scopre che il mandante di tutta quell’operazione è il suo ex compagno di battaglia, che lui credeva morto. In realtà li aveva venduti ai terroristi, quella di molti anni prima non era che un’imboscata: Marco è furioso, viene catturato e portato via, mentre Massimo e Giada riescono ad arrivare al monastero che nasconde il laboratorio.
Il suo ex compagno però è solo una pedina, il mandante è Carlo Fulgeri, che vuole dare subito via alla seconda parte dell’operazione: Carlo dice anche di uccidere Marco. Tancredi mentre stava per arrendersi viene liberato da Giada e Massimo, corrono al laboratorio dove la dottoressa dice a Massimo dove posizionare le cariche per far saltare in aria il laboratorio senza provocare un’esplosione nucleare: Marco, Massimo e Giada riescono a far fallire i piani di Carlisi e degli altri. Nonostante le misure di sicurezza adottate l’esplosione è forte e vi è una fuga radioattiva di uranio arricchito: Marco scopre finalmente a cosa è dovuta la morte di Lidia, stava indagando sul massacro del suo gruppo.
I tre tornano in Italia, all’Intelligence finalmente grazie ai riscontri ed alle ricerche la Serrano crede al racconto di Marco: Massimo Carlisi viene arrestato mentre Marco ed Antonio riconoscono le borse che erano state fatte all’interno del laboratorio per contenere le bombe e le controllano tutte. Sergio intanto cerca di risalire all’ultimo contatto di Filippo, fratello morto di Giada, secondo il tracciato il telefono con il quale Filippo è stato chiamato adesso si trova a Roma, in Vaticano.
In Vaticano vengono controllate tutte le borse ma ci sono moltissimi pellegrini, Sergio cerca di far squillare il telefono del soggetto, il piano funziona, Marco lo individua e Antonio lo uccide con un colpo di pistola: prima di morire attiva la bomba, Marco ed Antonio hanno sette minuti per scoprire come disattivarla. Sergio è fondamentale, fa scoprire a Marco i tre fili di collegamento ma non sa quale sia quello giusto: Marco si deve affidare solo al suo istinto, taglia il filo rosso che è quello giusto!
All’interno del taschino dell’attentatore Marco trova la scheda di memoria del palmare di Lidia: la inserisce nel suo computer, scopre numerosi accrediti fatti dalla IAFA a Carlo Fulgeri, è lui la spia infiltrata, Lidia stava indagando su di lui ed aveva capito. Carlo spiega le sue ragioni a Marco: la bomba serviva per distruggere chi vuole distruggere, per poi ricostruire un paese più forte, ma dopo aver confessato i suoi piani Carlo Fulgeri si spara un colpo in gola e si suicida. La Serrano chiede a Marco di far parte dell’Intelligence, per poter risalire ai vertici della IAFA e dell’organizzazione: Fulgeri era solo l’ultimo anello della catena, mentre in sede qualcuno ha violato il codice Alfa.