Ieri sera è andata in onda la seconda puntata di Squadra Antimafia 3, Stefano Santamaria è stato trovato morto nel letto della dottoressa Mares (Simona Cavallari). Il pubblico ministero Giorgio Antenucci (Gianmarco Tognazzi) le chiede se è andata a letto con lui. La donna risponde di no. L’autrice dell’omicidio è Rosi Abate (Giulia Michelini). Vito la contatta per unirsi a lei nel distruggere la fama della poliziotta, che è un forte ostacolo al suo desiderio di occuparsi dell’ambiente malavitoso.
Il pubblico Ministero chiede a Calcaterra maggiori informatori sul signor Santamaria, che era un informatore. L’uomo inizia a dubitare fortemente della dottoressa Mares. La poliziotta riceve la visita della fidanzata di Stefano, che la considera colpevole per la morte del ragazzo. La dottoressa cerca di avere chiarimenti con lei, ma è tutto invano. Giulia Paternò (Barbara Giarrusso) contatta Salvo, chiedendogli di contattarla per una questione che lui ben conosce. Il ragazzo promette che la richiamerà. De Silva inizia a mettere contro Virginia contro la dottoressa Mares.
Quest’ultima si è resa conto che Rosy è tornata a Palermo e che per sopravvivere deve dichiarare guerra ai Manzella. Rosario Manzella (Salvatore Lazzaro) parla con uno dei suoi scagnozzi. Anche lui è convinto che dietro la morte di molti che hanno rapporti con i Manzella ci sia proprio Rosy. La pax mafiosa è stata rotta. Una testimone potrebbe risolvere il caso di queste morti. Si tratta di una prostituta che si era appartata in auto con una delle vittime e che non è stata scoperta.
Vito Portanova (Giuseppe Zeno) è l’artefice materiale degli omicidi. Tra lui e Rosy nasce la passione. Il vice questore Domenico Calcaterra (Marco Bocci) non vuole perdere la speranza che la moglie prima o poi possa risvegliarsi dal coma vegetativo.
L’agente Luca Serino (Francesco Mandelli) cerca di rintracciare la prostituta testimone dell’omicidio, ma questa lo colpisce con lo spray urticante. Il poliziotto scopre che il nome della ragazza che sta fermando è Aysha.Vito costringe molta gente ad allearsi contro i Manzella ed a lavorare per gli Abate. Si continua ad indagare sulla morte di Santamaria. Aysha viene rintracciata dalla polizia, ma non ha alcuna intenzione di parlare. La prostituta dice soltanto di aver sentito che uno dei due killer è napoletano e che si chiama Vito. Non è tanto, ma basta per fare gli adeguati approfondimenti.
Sandro Pietrangeli (Giordano De Plano) non sa della relazione di Fiamma (Alice Palazzi), che è stata anche la sua ex fidanzata, con Luca. Il poliziotto va dalla vedova di Platania per cercare di avere qualche informazione in più su Rosi Abate. Si scopre attratto da lei e i due si lasciano andare alla passione, facendo l’amore. Francesca Diamante vince una gara di appalto per la realizzazione di un parco acquatico pubblico. Vito le parla, spiegandole che è stato lui a farle vincere l’appalto, ma che vuole il dieci per cento dei suoi guadagni.
La donna non sa che fare ed è pedinata da Vito. Informa il marito di quanto accaduto, il quale la esorta a chiamare la polizia e dire loro tutto. Qualche minuto dopo li raggiunge la dottoressa Claudia Mares, che chiede loro di informarla qualora il clan dei mafiosi si presenti da loro a chiedere il pizzo.
Si scopre l’identità di Vito che appartiene al clan dei Portanova. Claudia e Fiamma parlano della sua relazione con Luca, che sembra essere qualcosa di molto importante. L’agente Pietrangeli confessa a Serino di aver fatto l’amore con la vedova di un boss mafioso. Serino lo esorta a non vederla mai più. Vorrebbe dirgli della sua relazione con Fiamma, ma dopo queste dichiarazioni, preferisce non parlargliene più.
Nonostante Francesca Diamante abbia deciso di scendere a patti con la mafia, non è ancora sicura di questa decisione. Per costringerla ad accettare le loro imposizioni, Vito e il suo scagnozzo rapiscono la figlia dell’imprenditrice. La polizia, che segue Francesca Diamante, si rende conto che qualcosa non va. Claudia Mares raggiunge insieme ai colleghi la donna che si trova insieme a Vito ed alla sua bambina. Si ha uno scontro a fuoco. Vito, tenendo in ostaggio la bambina, riesce a fuggire, ma poi la libera.
A questo punto, Rosy decide di allearsi con De Silva (Paolo Pierobon). L’uomo, che si trova in carcere, riesce ad evadere grazie ad un piano ben ordito. Viene arrestato il medico del carcere. Francesca viene interrogata dalla Mares. La dottoressa sente puzza di bruciato e vuole andare fino in fondo alla questione. Si ritrova sul posto dove dovrebbero essere fatti i lavori per il parco acquatico. Qui vi trova Vito e ai suoi scagnozzi intenti a far togliere i rifiuti tossici nascosti nel terreno. Prova a contattare gli agenti Serino e Rigoni, che però non le rispondono. Vito si accorge di lei e prima che possa chiamare i rinforzi le dà un colpo in testa con il calcio della pistola, facendola svenire. La poliziotta si ritrova immersa tra i rifiuti tossici e sta per essere coperta dalla terra per volere di Vito.