Nella prima puntata di Squuadra Antimafia 3, Claudia Mares (Simona Cavallari) sospesa dal servizio antimafia, trova un relitto di una nave con all’interno il cadavere di uno degli uomini della famiglia Abate: il nuovo procuratore incontra Claudia e lei gli confida di star dando ancora la caccia a Rosy Abate (Giulia Michelini). Questa nel frattempo a Bogotà, in Colombia, partorisce il suo primo figlio, un maschio. Claudia scopre dove si è nascosta Rosy ed è intenzionata a riprendersi il suo posto in polizia, soffiandolo a Domenico Calcaterra (Marco Bocci), nuovo vicecapo della squadra Duomo.
Il compagno di Rosy, Vincent Truebla (Sergio Muniz), narcotrafficante internazionale colombiano, temendo per la pressione della polizia decide di liberarsi della donna ma Rosy se ne rende conto e decide di scappare da lui: decide di farsi aiutare da un giardinieri di origini italiane. Alla Duomo c’è un nuovo PM che si occupa del processo Abate, dice che vi sono delle fotografie che potrebbero ritrarre Rosy latitante, Claudia parte per la Colombia insieme al PM e a Domenico.
Gli uomini della Duomo e le forze americane entrano in azione proprio mentre Rosy ed il giardiniere soffocano Vincent: c’è uno scontro a fuoco, Claudia e Domenico entrano nella casa di Vincent ma non trovano Rosy, che intanto scappa con il bambino su un aereo in direzione Cuba. Claudia ritorna a dirigere la squadra Duomo, Domenico la affiancherà: Rosy torna in Sicilia, va da Don Ruggero insieme al bambino ma è spaventata che i Manzella scoprano dove si trovi.
I Manzella si stanno occupando di un business di rifiuti, non sospettano del ritorno in Sicilia di Rosy: la Duomo indaga, scopre che la nave rinvenuta in mare apparteneva ad un armatore ligure, ma era piena di liquami tossici. L’armatore dice di non saperne nulla, che si è trattato di un caso e di non conoscere i Manzella ma Domenico lo mette alle strette e il PM ordina il fermo cautelativo. Rosy si mette in affari con Don Ruggero, cerca dei protettori tra i napoletani amici di Don Ruggero ma quando esce dalla loro palestra, subisce un agguato.
Due ragazzi in moto cercano di ucciderla, sono stati i Casalesi: il boss napoletano decide di fare un patto con Rosy, lei si può riprendere ciò che ha perso ma loro dovranno tornare in possesso del business dei rifiuti, sottraendolo si Manzella. Claudia cerca informazioni sui Manzella: riuscirà a scoprire dov’è nascosta Rosy e cosa sta organizzado? La prossima puntata andrà in onda venerdì prossimo, in prima serata su Canale 5.