Nella terza puntata di Intelligence Servizi & Segreti, Marco Tancredi (Raoul Bova) mentre indagava sulle ricerche di Lidia Valenti, la sua compagna uccisa a causa di importanti scoperte che aveva fatto, viene colpito da un potente sonnifero, lo stesso accade a Giada (Ana Caterina Morariu), sua amica e narcotizzata. La scheda che Marco aveva trovato, grande indizio sulle ricerche di Lidia, è stata sottratta insieme al palmare: prima del furto per fortuna l’uomo riesce a scoprire degli appunti su un terrorista di origine coreana, Kim Hung.
Sergio (Stefano Fresi) su richiesta di Marco investiga sul passato del coreano: dalle informazioni raccolte si scopre che il terrorista è a Damasco ed era implicato nell’attentato cui era rimasto intrappolato Marco tempo prima, quando era soldato. Forse Lidia stava indagando sull’episodio che ha segnato la vita di Marco per sempre: questi con una nuova identità parte per Damasco per riuscire ad avvicinare il coreano ed ottenere maggiori informazioni.
Marco trova King Hung in un centro massaggi ma è troppo tardi perché è stato ucciso: all’uscita dal centro anche Marco è in pericolo, viene incappucciato e portato in un centro segreto. Qui incontra Saiad, il capo della fratellanza armata, convinto che Marco abbia ucciso il coreano: dopo una colluttazione le parti si invertono e Marco prende il potere, ma sparando uccide anche Saiad. Questi prima di morire rivela che loro non hanno avuto a che fare con l’attacco al loro gruppo, sono stati gli occidentali ad organizzare tutto. Ma prima di riuscire a capire a chi il siriano si riferisse, Saiad muore.
Al suo ritorno a Roma Marco viene rimproverato dal suo capo ma rivela di essere incappato in una cellula della fratellanza armata, principali nemici degli Stati Uniti che si teme stiano organizzando un attacco in Italia: un infettivologo, Hashmi, fa parte della cellula, bisogna scoprire tutto su di lui. Mentre Marco si finge un nuovo medico per avvicinarlo, Antonio Mosca (Massimo Venturiello) entra nel suo ufficio e piazza una cimice. All’interno dell’ospedale Marco scopre il laboratorio di infettologia ma per entrarvi serve una chiave digitale che solo il medico possiede: intanto al centro viene rivenuto un cadavere colpito da un virus creato in laboratorio.
Una delle due vittime del virus mortale era un paziente del dottor Hashmi: ecco cosa sta facendo Hashmi, sta creando un virus per la fratellanza armata pakistana. Giada intanto cerca di scoprire qualcosa in più su Hashmi diventando amica di sua moglie Lucia: Giada si è spacciata per la moglie del dottor Rossetti, che sarebbe l’alias di Marco. Massimo Carlisi (Dino Abbrescia) vuole aiutare Marco: gli cede una scheda per poter visionare le immagini del satellite russo che ha intercettato Marco al momento della sua aggressione, poco prima che gli rubassero le schede.
Grazie ad un senzatetto Marco scopre che un dottore in cambio di soldi cercava persone da utilizzare come cavia, ma non si tratta di Hashmi, bensì di un suo collaboratore già visto da Marco in ospedale: dopo un estenuante inseguimento Marco ed il team riescono a fermare il finto medico ed ha prendere il suo cellulare. Marco e Giada vanno a cena a casa di Hashmi e della sua famiglia: scopo della serata è trovare il nascondiglio della chiave del laboratorio e prenderla. Grazie ad uno stratagemma ed alla prontezza di Giada, Marco riesce ad ottenere una copia della chiave pochi istanti prima che Hashmi lo scoprisse.
Sergio per conto di Marco cerca di criptare il sistema satellitare russo ma viene interrotto da Michela (Daniela Virgilio), che gli impedisce di terminare il lavoro: Marco e Giada entrano nel laboratorio segreto in ospedale, fotografano tutto e prendono campioni delle provette. Mentre stanno per terminare il lavoro qualcuno chiude dall’esterno la porta, scaricando una bombola del gas all’interno per ucciderli: ma Marco riesce ad aprire la porta con una combinazione di acidi che manda in corto circuito il sistema elettronico.
I militari entrano in casa di Hashmi ma l’appartamento è vuoto, lui e la moglie si sono trasferiti in albergo: in un bar Hashmi incontra due uomini pakistani che lo portano via, ma fuori dal locale Marco e Giada vengono fermati da un uomo ed una donna dei servizi segreti americani che fanno perdere le tracce di Hashmi. Gli americani portati al centro rivelano che stavano seguendo i due uomini che hanno portato via Hashmi, uno de due è medico, l’altro ingegnere genetico, per scoprire un nuovo virus sulla base dell’influenza spagnola che nel secolo scorso uccise cento milioni di persone in tutto il mondo: nonostante Hashmi sia stato molto utile per scoprire il virus, sua moglie Lucia viene utilizzata come cavia davanti ai suoi occhi. Del laboratorio segreto non vi è ancora traccia, Marco e Giada continuano a cercare: forse una traccia è data da una fotografia scattata al medico pakistano.
Hashmi vorrebbe aiutare la moglie cui è stato iniettato il virus ma viene colpito alle spalle da un colpo di pistola: ottenuto ciò che volevano i terroristi smontano il laboratorio e si preparano a scappare. La sperimentazione ha avuto successo ed il contagio si espanderà velocemente: Marco e gli uomini intervengono. Uno dei due medici dice che il loro scopo è quello di aiutare il loro popolo nella lotta contro l’occidente, prima di lanciarsi nel vuoto uccidendosi.
All’ospedale intanto Marco scopre che il primario, il dottor Severi, il giorno stesso ha abbandonato il lavoro: si reca all’acquedotto comunale, dove dopo aver ucciso un addetto, sta per infettare tutta l’acqua. Ma Marco arriva tempestivamente impedendo una tragedia: ma la talpa continua ad aggirarsi indisturbata per il centro. Sergio manda a Marco le foto del satellite russo: si vede Giada nascosta con la pistola in pugno.
Ma allora chi è la talpa? Per scoprire cosa accadrà a Marco Tancredi e Giada, l’appuntamento è per lunedì prossimo con una nuova puntata di Intelligence servizi & Segreti su Canale 5 ore 21.10.