Nella terza puntata della mini serie TV L’isola dei segreti, Maria Grimaldi (Romina Mondello) è rimasta ferita durante uno scontro a fuoco che ha coinvolto lei ed il Commissario Vasco Brandi (Adriano Giannini). Il cadavere di Nicola Grimaldi (Tommaso Ramenghi ) viene rinvenuto sulla spiaggia ed il padre Luigi Grimaldi (Enrico Lo Verso ) piange disperato. Maria in ospedale sta bene, Vasco è accanto a lei, mentre il suo fidanzato Cristiano Morgese (Salvatore Lazzaro) è via dall’isola per una regata.
Luigi scrive una lettera a Maria: dice che 30 anni fa si sono macchiati di una colpa che ha gettato un’ombra sulla famiglia, e Maria ne è coinvolta, non doveva tornare sull’isola. Luigi chiama Ginevra d’Aquaro (Tosca d’Aquino) dichiarandole il suo amore, che lei ricambia: ma la madre Ivana d’Aquaro (Giuliana Lojodice) sente la conversazione e dice alla figlia che se non sarà lei a fermare Luigi, agirà lei stessa.
Dalla pietra del promontorio sgorga acqua dal disegno del pesce ma il commissario è scettico e pensa che sia stato un pazzo a fare quella messinscena: guardando il cellulare di Nicola, Vasco scopre che Nicola aveva inviato degli sms intimidatori a Ivana, ma ora il ragazzo si è portato il segreto nella tomba. Vasco Brandi si reca dalla famiglia D’Aquaro per interrogare Ivana ma scopre che la signora è andata a Trapani, dov’è ricoverata Maria. Non solo, ma la scientifica analizzando il sangue sgorgato dalla pietra scopre che è il sangue di Maria.
Vasco corre a Trapani all’ospedale, Ivana è già arrivata e sta per soffocare Maria con un cuscino, ma fortunatamente arriva anche il Commissario che vuole interrogare subito Ivana: lui sa che Nicola la ricattava su qualcosa che la figlia Ginevra non doveva sapere. Ma Ivana è criptica e dura, e non fa trapelare nulla.
La lettera di Luigi intanto è sparita, Maria esce dall’ospedale e viene informata che la pietra piangeva sangue del suo gruppo sanguigno: ma non è lei ad essere in pericolo bensì Luigi, che ha lo stesso gruppo. Nella tonnara viene rinvenuto il cadavere di Luigi Grimaldi con la testa mozzata e viene rinvenuta anche la lettera che questi aveva scritto per la cugina Maria.
Vasco analizzando la lettera e alcuni articoli di giornale scopre che ci potrebbe essere un collegamento tra quanto scritto da Luigi e l’annegamento di una giovane donna 30 anni prima: mentre si sta recando alla Baia Vasco viene colto da un sibilio improvviso che gli fa perdere il controllo della macchina e sbandare. Maria vuole prendere il traghetto per andare da Cristiana, ma sul pontile vede la vecchietta che da giorni la tormenta: le dice che non avrebbe dovuto allontanarsi dall’isola ma il suo cuore saprà cosa fare.
Il Commissario ha avuto un incidente ma sta bene e si reca con Maria da Lucio Musi, il giornalista che 30 anni fa scrisse l’articolo sulla sconosciuta trovata morta a Korè: si chiamava Maria, ed è stata uccisa, sgozzata e non annegata come invece si è sempre detto. Appena Vasco e Maria se ne vanno il giornalista viene raggiunto da una misteriosa persona.
Quella sera Maria e Vasco cenano insieme, quando la loro intimità viene interrotta dalla notizia che una tempesta ha colpito la regata, e due imbarcazioni sono disperse, tra le quali quella di Cristiano: Maria è molto preoccupata. Intanto Giulia Turrisi (Larissa Volpentesta) prova a fare un test di gravidanza e scopre di essere incinta di Rolando (Niccolò Petitto): i due ragazzi sono felici ma la situazione è complicata dato che le due famiglie si odiano.
Maria e Vasco vanno a trovare Peter O’Hara (Ricky Tognazzi) per poter visionare l’archivio di giornali che è custodito nel faro: scoprono che la sera in cui la misteriosa donna venne uccisa il faro era spento. Mentre si trovano dentro la grotta della baia, la grotta frana ed i due restano sepolti all’interno della grotta: la mareggiata non contribuisce e fa entrare acqua. I due decidono di cercare un’altra uscita, la leggenda dice che c’è un passaggio segreto che Vasco riesce a trovare: i due son salvi e Vasco inizia a credere alla leggenda.
Mentre Vasco e Maria si riposano sulla spiaggia, si baciano: Maria dentro la grotta ha trovato una targhetta con scritto sopra Atalante, un’imbarcazione affondata circa 30 anni fa, lo stesso nome rinvenuto da Maria in un disegno di Luigi. Rolando intanto vuole scappare dalla nonna Ivana, e rivela alla famiglia di aspettare un bambino da Giulia: ma Ivana dice che questo bambino non deve nascere, perché i due sono cugini. Anni fa Ivana amò Arturo Turrisi (Ivo Garratani) e dalla relazione nacque Ginevra: la donna fino a quel momento non era a conoscenza.
Giulia e Rolando al promontorio litigano, lui dice che questo bambino non deve nascere e decide di partire per Londra in quanto non è più innamorato di lei: Giulia disperata urla, sapendo che è colpa solo di Ivana. La Atalante era un’imbarcazione usata da tali Sabelli che dopo una rapina hanno utilizzato la barca per fuggire, ma dato che il faro quella sera era spento la barca si schiantò sul promontorio del Diavolo. Ma né i corpi del Sabelli né la refurtiva venne mai trovata.
Giulia riceve una lettera anonima nella quale si dice che Arturo è padre di Ginevra, Giulia però non vuole rinunciare a Rolando anche se i due sono cugini e decide di imbarcarsi sul traghetto con lui per fuggire insieme. Beniamino (Manlio Dovì) cerca di parlare con sua madre Ivana ma questa per impedirgli di parlare lo spinge giù da un dirupo.
Ginevra racconta che quella sera di 30 anni fa fu lei a decidere di andare alla baia a giocare agli affondatori e la barca affondò sul serio: lei, Guido, Luigi e Cristiano erano lì. Tutti quelli che erano li quella notte hanno pagato, ora tocca a lei, che di notte ancora sente le urla di quella donna misteriosa. Il giorno del funerale di Luigi, Ginevra scompare ed Ivana dice che la colpa è solo di Maria.
Al commissariato Vasco scopre che Peter in realtà si chiama Armando de Roberti ed era uno degli amici dei Sabelli che 30 anni prima naufragarono in mare insieme a molto oro, ma lui si dichiara estraneo alla vicenda e non sa che fine abbia fatto l’oro. Peter reagisce alle domande di Vasco e lo colpisce al ventre, facendolo cadere privo di sensi: ma la barca prende fuoco e salta in aria con Peter e Vasco a bordo. L’ultima puntata de L’isola dei segreti andrà in onda domani sera ore 21.15 su Canale5.