Nella seconda e ultima puntata di Mal’Aria, Don Bruno (Eros Pegni) viene assassinato come i due dottori e Carlo (Ettore Bassi), che si è ripreso dalla febbre, ne viene a conoscenza. Nell’ultima autopsia, Carlo ritrova sul corpo del cadavere un dente. Bellenghi (Stefano Dionisi) riporta ad Elsa la notizia della morte del parroco e la ragazza va da Carlo, che la aggredisce dicendo che la Borda non esiste ed è soltanto un’invenzione del nonnno Corzani (Giorgio Biavati), che vuole avere il potere sul popolo.
Quest’ultimo ha intenzione di sacrificare i bambini ammalati alla Borda. Carlo informa i soldati della milizia nera, che chi ha ucciso il parroco ed i due dottori, in realtà non è altro che un animale (forse un orso) il quale se non viene fermato, continuerà ad uccidere.
Elsa confessa a Carlo di aver paura che la Borda possa ucciderlo, ma il dottore la rincuora dicendole che i soldati hanno intenzione di fare una battuta di caccia per scovare l’animale colpevole della morte dei tre uomini ed ucciderlo. Quest’ultimo grida contro il popolo, colpevole di credere ancora alle superstizioni e di aver riportato l’idolo pagano in chiesa.
Elsa (Sarah Felberbaum)informa il nonno di aver provato ad avvisare la donna anziana che vive nelle vicinanze della palude (sarà la fantomatica Borda?) ad andare via. Il dottore, all’interno del cimitero del paese, vede alcune tombe di bambini morti lo stesso giorno di Luglio a causa della malaria e i tasselli del puzzle si fanno più numerosi.
Viene a fare visita a Carlo il signor Merli, il quale è venuto ad informarlo che può ritornare a Roma. Vuole che Carlo firmi un documento in cui dichiara che non esiste alcuna epidemia, ma il dottore non ha intenzione di farlo, in quanto è consapevole che la malaria si è sviluppata, soprattutto intorno alla zona del lago Nero. Il Merli lo obbliga a ritornare, soprattutto perchè la la gente ce l’ha con lui per colpa della strega.
Eraldo, il piccolo fratello di Elsa, continua a stare male, e la ragazza inizia a credere che il Dottor Rambelli abbia ragione e che non esista alcuna strega. Carlo, in macchina con il Merli, cerca di capire come mai siano morti dieci bambini lo stesso giorno, ma i suoi dubbi non vengono chiariti. Giunti alla stazione, Carlo decide di non tornare a Roma e ritorna con il suo autista Paolo Maggioli (Giuseppe Soleri) a Spinaro, al quale racconta di avere una forte paura dell’acqua, ma al tempo stesso di essere rimasto per capire come stanno veramente le cose.
Carlo, continuando ad indagare, inizia ad avere delle tracce dai documenti del Dottor Bivato, e cerca di parlare con un certo Moneti, il quale fa la collezione degli oggetti più strani raccolti nella palude e trova un rullo fotografico che fa sviluppare. Si dà inizio alla battuta di caccia per riuscire a trovare l’animale che ha ucciso i tre uomini.
Elsa riesce a parlare con la vecchia che vive nella palude, ed è adirata con lei per aver permesso che Carlo se ne andasse a Roma, non facendo funzionare il filtro che le aveva preparato, ma la donna conferma che Carlo è ancora a Spinaro. Quest’ultimo, parlando con Moneti, ha la possibilità di vedere la sua collezione, realizzata con le ossa dei morti, ma anche con altri strani oggetti.
Notando un giocattolo (una trottola), iniziano a venire a galla tutti i suoi ricordi.Carlo ricorda un bambino, una trottola, una vecchia donna. Moneti spiega a Carlo la leggenda che la vecchia strega rapisca i bambini e li uccida. Ritornando in ambulatorio,al dottore viene incontro Elsa, contenta di vederlo lo abbraccia ed i due trascorrono la notte facendo l’amore.
Il mattino seguente, Carlo scopre che Elsa ha usato dei filtri d’amore per tenerlo stretto a sè, ma la convince a non usarli più, si rende conto che erano questi filtri a procurargli le varie allucinazioni e le chiede chi le abbia dato questi filtri, ma la ragazza non vuole rispondergli.
Carlo cerca di capire come mai i corpi degli uomini morti non hanno segni di lotta e pensa che siano stati avvelenati e chiede ad Elsa se suo nonno sia capace d preparare il veleno. La donna risponde che chi le ha procurato dei filtri è stata la sorella di suo nonno, di nome Ubalda, fattucchiera che era stata chiusa in manicomio ed era scappata, facendo perdere le tracce di sè e che vive attualmente vicino alla palude.
Quest’ultima viene catturata dai soldati della milizia nera. Vi è implicato nella cattura anche il conte Ruggeri, desideroso di chiudere al più presto questa storia e costretto ad uccidere Don Bruno pur di non farlo parlare. Il conte ha intenzione di far trovare la vecchia il mattino seguente con l’arma del delitto. Bellenghi va sul posto di lavoro di Elsa e le riferisce che hanno catturato Ubalda, ma per salvarla chiede alla ragazza di sposarlo.
Carlo va dai carabinieri ed espone la sua teoria: a suo parere, l’assassino non è la strega, ma un uomo che uccide con una tagliola (una sorta di arma costituita da denti di animale morto) le sue vittime e che fa credere al popolo che la colpevole sia la Borda. E’ un’ipotesi assurda secondo il carabiniere, ma Carlo ci crede fino in fondo. Va in una vecchia scuola elementare abbandonato e inizia a ricordare tutto. Il bambino che vede nei suoi sogni era un suo amico d’infanzia e nota attraverso alcune foto che è riuscito a far sviluppare, che uno di quei bambini era proprio lui. Per avere la conferma di ciò, profana la tomba del bambino che aveva il suo stesso nome.
Lo raggiunge Bellenghi che cerca di fermarlo, ma Carlo dice di essere uno del luogo come loro e di ricordarsi di tutto e dice di scavare nella tomba del suo fratello (che si presume sia morto di malaria come tanti altri bambini, i quali erano chiamati i bambini della maestra) perchè molto probabilmete non troverà nessun cadavere. Il soldato convinto, inizia a scavare anche lui e si rende conto della verità delle sue parole.
Paolo Maggioli e Carlo vanno dalla madre di Paolo per conoscere la storia della maestra. Elena (questo era il suo nome) era la sua migliore amica. Era partita ed era ritornata incinta con un bambino che aveva chiamato Carlo, che aveva perso la vita lo stesso giorno degli altri bambini. La donna racconta che il bambino si era fatto una brutta ferita alla fronte, lasciandogli una cicatrice. Carlo le chiede se si tratta della stessa cicatrice che ha lui e la donna è sconvolta, perchè il bambino di cui sta parlando è proprio lui ed è anche vivo.
Bellenghi decide di portare via Ubalda e di portarla a casa di Elsa, mantenendo cosi la promessa , e il conte Ruggeri lo ricatta dicendo che è stato lui ad uccidere gli altri due dottori, ma il soldato gli ricorda di averlo fatto su sua commissione, perchè il Dottor Bivato aveva le prove che lo incastravano.
Carlo non riesce a dormire dopo quelol che è successo. Paolo crede che il conte Ruggeri sia implicato in questa vicenda. I due guardano le foto del Dottor Bivato e ci sono posti che Paolo non riesce a riconoscere. Carlo decide cosi di andare da Elsa a lavoro, che lo porta nel luogo della foto, la vecchia risaia. E’ qui che Carlo confessa ad Elsa di essere uno dei bambini della maestra e nota anche che il luogo dovrebbe essere bonificato. I due raggiungono il Lago Nero, dove si presume che siano morti tutti i bambini. Qui incontrano alcuni bambini malati di malaria che dovranno essere sacrificati alla Borda.
Bellenghi incrocia Carlo, e tra i due scoppia una lite che fa cadere Carlo nella palude, e si ricorda di tutto, del fatto che i bambini vengano sacrificati alla Borda e uccisi per questo motivo dalle sabbie mobili. Lui faceva parte di quei bambini che dovevano morire, ma è stato l’unico a salvarsi. Carlo dice anche che è solo per colpa sua e del conte Ruggeri che stanno per morire gli altri bambini, perchè è stato fatto credere loro che la Borda si sia risvegliata e gli consiglia di andare a vedere quanto gli sta riferendo a conferma della veridicità delle sue parole. Arriva la spia del conte Ruggeri che vuole fermarlo, ma il soldato fa in tempo a far esplodere la bomba che l’uomo teneva con sè, decidendo di morire insieme a lui.
Elsa e Carlo raggiungono in tempo i bambini e riescono a salvarli. I carabinieri vanno dal conte Ruggeri, per arrestarlo, avendo in mano una lettera scritta dal Dottor Bonini, in cui confessava tutto ciò che sapeva riguardo l’implicazionde del conte nel traffico del chinino, ma non fanno in tempo che il conte riesce ad uccidersi davanti ai loroocchi sparandosi alla testa, mentre Carlo trova un pò di serenità (dopo aver scoperto la sua vera identità e ciò che gli è successo) ritornando a Roma a salutare i genitori, ed in seguito facendo il Dottore a Spinaro e vivendo insieme alla sua Elsa.